Fue fundada en el año 1960, la planta física fue utilizada en su comienzo como estación de policía por unos meses y más tarde como campamento de una compañía petrolera, posteriormente fue entregada a la Secretaría de Educación de Norte de Santander para el funcionamiento de la escuela. En 1963 inició su servicio educativo con un total aproximado de 30 niños bajo la orientación de una profesora,

 

siendo esta la primera escuela de la región contaba con 3 salones y una pieza pequeña la cual fue restaurada en los años 80. En 1999 debido a los hechos violentos ocurridos en la región por grupos armados hubo un desplazamiento masivo de la población y un deterioro total de la escuela.

En el año 2000 se retoman las labores educativas bajo la orientación de un profesor contratado. A comienzos del 2001 fue construida la unidad sanitaria y en el año 2005 se inicia una nueva reparación a la planta física, y el encierro total del establecimiento. Se creó la resolución en el mes de abril con el nombre de CENTRO EDUCATIVO RURAL LA PAZ con la coordinación administrativa del profesor Jorge Vázquez Delgado como director con 15 sedes a su cargo, en donde terminó con 32 sedes anexas.  

 

Del 2005 al 2009 el director en su función de delegado Jorge Vásquez (2277) quien fue nombrado por la Secretaría de Educación por su condición de docente de planta era incompatible para trabajar con docentes contratados del sector privado.

 

En el año 2008 el director de ese momento adquiere la casa del maestro para servicio de los docentes que llegan de las veredas.

 

En el año 2010 toma el cargo de directora la Licenciada Blanca Miriam Navas (ex- religiosa) con un total de 95 estudiantes atendidos por cinco (5) docentes en su sede principal, incluyendo la básica secundaria, creándose así la figura del nuevo C.E.R Puerto Barco, lo que originó que el director anterior se llevase la razón social del centro educativo. Todos los Docentes y el director del C.E.R son contratados por la Corporación Educativa Paz y Futuro en coordinación con la diócesis de Tibú.

 

Luego en el año 2011 toma el cargo como Director José Ignacio Sepúlveda Flórez en donde la secretaría de Educación Departamental cambió su razón social mediante un nuevo decreto como CENTRO EDUCATIVO RURAL PUERTO BARCO; mediante su orientación pedagógica como director en el 2014 se inicia la básica secundaria en la Sede la Angalia ofreciendo el servicio de preescolar hasta noveno y de igual forma en la Sede Bocas del Castillo, ofreciendo el servicio a aquellos estudiantes que no tenían acceso al desplazamiento al centro poblado para terminar básica secundaria en el corregimiento.

 

El 26 de mayo de 2017 se creó el decreto transicional 882 relacionado con la contratación de docentes, así mismo, se crea la figura concurso para las zonas de conflicto, los docentes contratados mediante este decreto en el año 2018 pasaron a ser parte de la planta provisional del CER.

 

En el año 2021 fue nombrado director el Profesor Fernando Mora Murcia, el cual a los pocos meses presentó su renuncia, a su vez los docentes de áreas específicas y de preescolar pasaron a ser parte de la planta oficial. En el mismo año toma posesión el siguiente de la lista de elegibles el profesor Luis Fernando Mesa como director. 

 

En el año 2022 bajo la administración del Mg. Luis Fernando Mesa se cambia la razón social de Centro Educativo Rural Puerto Barco a Institución Educativa Rural Puerto Barco, Mediante la resolución N° 000398 del 01 de abril de 2022, permitiendo así la oferta educativa de los grados décimo y once de educación media académica.